GeneMATRIX Doku ve Bakteri DNA Saflaştırma Kiti
GeneMATRIX Tissue & Bacterial DNA Purification Kit, çeşitli doku örneklerinden, biyolojik sıvılardan, kültüre edilmiş hücrelerden ve bakterilerden toplam DNA'nın (genomik ve mitokondriyal DNA) hızlı ve güvenilir bir şekilde saflaştırılması için tasarlanmıştır.
Elde edilen saf DNA, aşağıdaki kirleticilerden arındırılmıştır:
- RNA
- Proteinler
- Lipitler (yağlar)
- Boyar maddeler
- Deterjanlar
- Enzimatik reaksiyonları inhibe eden organik bileşikler
- Tampon çözeltiler (buffer)
- Tuzlar
- İki değerlikli katyonlar (Ca²⁺, Mg²⁺ vb.)
- Diğer safsızlıklar
Bu yüksek saflık derecesi sayesinde izole edilen DNA, herhangi bir ek saflaştırma işlemine ihtiyaç duyulmadan birçok moleküler biyoloji uygulamasında doğrudan kullanılabilir.
Çalışma Prensibi
İlk aşamada örnek, doku ve hücrelerin etkin şekilde parçalanmasını sağlayan özel bir lizis tamponu (lysis buffer) varlığında proteolitik lizis işlemine tabi tutulur.
Ardından eklenen Proteinase K, hücre içerisindeki proteinleri parçalar. Bu işlem sırasında:
- Hücresel proteinler sindirilir.
- DNA'ya bağlı bulunan histon ve diğer proteinler uzaklaştırılır.
- DNA'yı parçalayabilecek nükleaz enzimleri inaktive edilerek DNA'nın bütünlüğü korunur.
Lizis tamamlandıktan sonra, DNA'nın silika membrana seçici olarak bağlanmasını sağlayan optimize edilmiş bağlama tamponu ve etanol ilave edilir.
Karışım spin kolona aktarıldığında ve kısa süre santrifüj edildiğinde:
- DNA, GeneMATRIX silika reçinesine (membranına) bağlanır.
- Proteinler, RNA kalıntıları, hücresel artıklar ve diğer kirleticiler kolondan geçerek uzaklaştırılır.
DNA membrana bağlandıktan sonra kolon, iki ayrı yıkama tamponu ile yıkanır. Bu yıkama adımları sayesinde membran üzerinde kalabilecek;
- Protein kalıntıları,
- Tuzlar,
- Deterjanlar,
- Organik bileşikler,
- Enzim inhibitörleri
etkin biçimde uzaklaştırılır.
Son aşamada saf DNA, düşük iyonik kuvvete sahip bir elüsyon tamponu kullanılarak membrandan ayrılır. Elüsyon için aşağıdaki çözeltiler kullanılabilir:
- Tris-HCl tamponu
- TE Tamponu (Tris-EDTA)
- Nükleaz içermeyen saf su
Elde edilen yüksek kaliteli DNA, herhangi bir etanol çöktürme (ethanol precipitation) işlemine gerek kalmadan doğrudan aşağıdaki uygulamalarda kullanılmaya hazırdır.
Kullanım Alanları
Saflaştırılan DNA aşağıdaki moleküler biyoloji uygulamalarında doğrudan kullanılabilir:
- PCR
- Gerçek Zamanlı PCR (qPCR)
- Multiplex PCR
- Long PCR
- Restriksiyon enzim analizleri
- DNA dizileme (Sanger Sequencing)
- Yeni Nesil Dizileme (NGS)
- SNP ve mutasyon analizleri
- Genotipleme çalışmaları
- Klonlama
- Southern blot analizleri
- Mikrobiyal tanımlama
- Adli tıp ve genetik araştırmalar
- Diğer rutin moleküler biyoloji uygulamaları
Bu yöntem, yüksek verim, yüksek saflık ve tekrarlanabilir sonuçlar sağlayarak farklı biyolojik örneklerden güvenilir DNA izolasyonu gerçekleştirilmesine olanak tanır.